В 1902-м железнодорожная ветка связала город над Днепром с другими населенными пунктами. Через два года образовано Могилевское железнодорожное жандармское полицейское управление, которое находилось в нынешнем здании ОВДТ.
В начале ХХ века здесь происходили загадочные события. Некоторые пассажиры странным образом исчезали: одни, купив билет, в поезд не садились, другие, выйдя из вагона, пропадали бесследно. Железнодорожные жандармы лишь пожимали плечами, отказываясь от каких-либо разъяснений. Однако это было только кажущееся спокойствие и беспомощность. Для поимки преступников предпринимались все меры. В Могилеве, особенно около вокзала, имелась разветвленная сеть подземных ходов. Именно туда злоумышленники завлекали людей, грабили и убивали их. После тщетных попыток разыскать преступников все известные входы в подземные катакомбы были замурованы. Исчезновения прекратились. Предполагают, что убийцы заживо погребены под землей.
Со временем эта проблема перестала кого-либо заботить — начались события, повлиявшие на историю многих государств. В Могилеве располагалась Ставка Верховного главнокомандующего — еще пока не отрекшегося от титула и власти Николая ІІ. Затем наступили переломные события 1917-го.
Среди множества трудностей в годы становления советской власти в стране стояла и проблема обеспечения нормальной работы железнодорожного транспорта. На должность заведующего Губотделом железнодорожной милиции 27 марта 1919 года назначен товарищ Дрошанов. Это первое упоминание о создании подразделения, выполнявшего функции современного ОВДТ.
С февраля 1922-го охраной правопорядка и борьбой с преступностью занимались транспортные отделы ГПУ НКВД СССР и органы милиции, на территории обслуживания которых проходила железная дорога. Так, в соответствии с приказом НКВД БССР от 4 апреля 1935 года с 1 июля Могилевский ОВДТ стал называться «Оперативный пункт милиции станции Могилев» транспортного отдела УГБ НКВД БССР.
Однако лучшего варианта структуры, чем созданная в феврале 1919 года, найдено не было, и летом 1937-го транспортную милицию восстановили. ОПМ станции Могилев 10 июля реорганизован в транспортное отделение УНКВД региона со штатной численностью десять сотрудников, в том числе начальник, оперуполномоченный, участковый уполномоченный (Рогачев — Быхов включительно), дактилоскоп, секретарь, машинистка, командир отделения, милиционер. Приказом НКВД БССР от 9 июня 1939 года подразделение преобразовано в 3-е транспортное отделение.
В апреле 1941-го на должность начальника отделения дорожно-транспортного отдела НКВД станции Могилев был назначен сержант госбезопасности Вячеслав Прокопович, а уже в июне на всех железных дорогах было объявлено военное положение. Сотрудники отдела во главе с руководителем и его заместителем Иваном Логвиновым наряду с военными и пограничниками встали на защиту стратегически важных транспортных коммуникаций, участвовали в эвакуации населения и промышленного оборудования, боролись с диверсантами, пресекали панику и преступные проявления.
Последний поезд с эвакуированными ушел со станции 13 июля, город был окружен. Вячеслав Прокопович и его подчиненные Василий Сороко, Николай Кривонос, Семен Таборко, Андрей Азаренко и двое сотрудников, фамилии которых не установлены, влились в состав героических защитников города на Днепре.
При переправе через Днепр 28 июля В. Прокопович был тяжело ранен и спустя две недели скончался в районе деревни Константиновка Могилевского района. При обороне города погибли В. Громов, А. Азаренко, С. Таборко и другие. Многие стражи стальных магистралей страны, в том числе и могилевчане, продолжили борьбу с агрессором на фронтах и в составе партизанских отрядов, несли не менее опасную службу в тылу. Среди награжденных боевыми орденами и медалями солдат правопорядка есть и ветераны отдела: В. Сорока, Н. Кривонос, П. Смирнов, И. Нестеров, П. Фомушков, К. Леонова, Ф. Лысенко и другие.
Трудными были первые послевоенные годы. Не зная отдыха, дни и ночи сотрудники транспортной милиции несли нелегкую милицейскую службу. Напоминали о себе старые раны бывших фронтовиков, но превыше — долг, стремление искоренить всякую нечисть, сделать жизнь лучше. Майоры милиции В. Полонейчик, Е. Романовский, П. Фомушков, капитаны милиции Е. Трифонов,
А. Архипенко, старшины милиции И. Реученко, И. Нестеров, П. Смирнов, И. Лавриненко, М. Грохотский, старший сержант милиции И. Вододохов — кавалеры боевых наград — стали костяком отдела, передавали опыт молодым коллегам.
Шло дальнейшее становление, смена поколений сотрудников. В 1959 году в штат линейного отделения милиции на станции Могилев входили начальник, его заместитель, сотрудники подразделений уголовного розыска и БХСС. Образован линейный пункт милиции на станции Кричев, в зону обслуживания которого вошли суражское и унечское направления (Россия). Подразделение возглавил участник Великой Отечественной войны, кавалер ордена Отечественной войны II степени, обладатель медали «За боевые заслуги» Владимир Полонейчик. На заслуженный отдых он ушел в 1980-м в звании майора милиции.
В 1969 году введены должность заместителя начальника отдела по политико-воспитательной работе, а также дежурная часть и группа службы. Через два года появился линейный пост милиции в аэропорту, еще через два за правопорядок в воздушной гавани отвечали 14 человек.
В 1990-х в Могилевский ОВДТ входили Кричевское, Осиповичское, Бобруйское и Слуцкое отделения. Участок обслуживания охватывал Минскую, Гомельскую, Витебскую и Могилевскую области. В тот период отдел был самым крупным в структуре УВДТ МВД.
Из-за сложности управления силами и средствами, а также большой разбросанности в 1995 году были образованы два самостоятельных ОВДТ — Могилевский с отделением в Кричеве и Осиповичский с отделениями в Бобруйске и Слуцке.
В 2013-м в связи с ликвидацией УВДТ отдел переподчинили УВД Могилевщины. Спустя четыре года осиповичское и бобруйское подразделения вновь вошли в состав Могилевского ОВДТ.